Cikal bakal Yayasan Pendidikan Katolik Leo Dehon bermula sejak tahun 1946, dari keprihatinan Gereja terhadap pendidikan kaum muda pasca kemerdekaan Indonesia. Pastor Kusters SJ, Pastor Paroki St. Antonius Padua Cikini, memulai pembinaan anak-anak remaja yang tidak mengenyam pendidikan formal, yang kemudian berkembang menjadi lembaga pendidikan dasar.

Perjalanan pendidikan ini terus berkembang melalui berbagai tahap pengelolaan, termasuk berada di bawah Perkumpulan Strada, hingga berdirinya Yayasan Santo Antonius Bidara Cina pada tahun 1972. Yayasan ini mengelola SD, SMP, dan SMA St. Antonius, yang bertumbuh pesat berkat dukungan umat dan para pastor paroki.

Pada tahun 2002, pengelolaan yayasan dialihkan kepada Kongregasi Imam-imam Hati Kudus Yesus. Secara resmi, pada 10 Juni 2014, Yayasan Santo Antonius Bidara Cina berganti nama menjadi Yayasan Pendidikan Katolik Leo Dehon (YPK Leo Dehon).

Dalam upaya memperkuat karya pendidikan, YPK Leo Dehon kemudian bergabung dengan Yayasan Pendidikan Yos Sudarso Metro, Lampung, yang memiliki sejarah panjang dalam pelayanan pendidikan sejak tahun 1960-an. Sejak tahun 2015, seluruh sekolah tersebut dikelola di bawah YPK Leo Dehon.

Saat ini, YPK Leo Dehon menaungi lima unit sekolah yang dikelola melalui dua Kantor Operasional Wilayah.